Subdirektorat Pengawasandan Pengendalian Internal mempunyai tugas membantu Direktorat dalam melaksanakan fungsi pengawasan dan pengendalian internal di lingkungan Universitas. Pelaksanaan tugas tersebut dilakukan melalui uji kepatuhan unit kerja terhadap kebijakan pengendalian internal, evaluasi laporan kedisiplinan dan kinerja pegawai yang dilaksanakan secara berkala, pengelolaan pelaporan LHKPN, serta pelaksanaan Penilaian Mandiri dan Penjaminan Kualitas dalam rangka mendukung penilaian maturitas Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) Terintegrasi.
Dengan pelaksanaan tugas tersebut, Subdirektorat Pengawasan dan Pengendalian Internal berperan dalam mendukung penguatan tata kelola universitas yang efektif, berintegritas, transparan, dan akuntabel.